对外合作交流处（港澳台事务办公室）是贵州医科大学负责执行涉外政策、统筹国内外合作与交流事务的职能部门。主要职责包括统筹学校的国际项目、协调国际访问与接待、管理学生和教职工的国际交流与访问事宜、支持中外合作办学项目；负责外国专家聘请、外籍学生管理、国际会议的组织；负责国内合作项目的推进，深化与中国医学科学院、北京协和医学院、苏州大学及国内高水平大学的合作交流，统筹校友会与教育发展基金会的日常工作，积极服务于学校的国际化发展和国内合作平台建设。

对外合作交流处（港澳台事务办公室）下设综合办公室、外事交流科、外籍教师留学生管理科、港澳台事务管理科、校友事务与基金发展科。